Темнее, чем индиго: Судьба

События разворачиваются спустя два года после знакомства Аой Сакурабы и Каору Ханабиси. Каору поступил в аспирантуру и устроился на работу в школу. Он продолжает совместное проживание с Аой. Оба персонажа освободились от влияния своих семей и ведут повседневную жизнь в кругу друзей.

Сюжет сосредоточен на бытовых аспектах их отношений и взаимодействии с окружающими. Основное внимание уделяется тому, как герои адаптируются к самостоятельной жизни и решают возникающие проблемы без вмешательства родственников. Дальнейшее развитие истории связано с их попытками сохранить достигнутую стабильность и справиться с новыми вызовами.