Дворецкие: История тысячи столетий

Сюжет разворачивается вокруг двух учащихся престижной академии. Первый персонаж — Кома Дзингудзи, известный как Джей, занимающий пост президента студенческого совета. Второй — Цубаса Хаякава, работающий в местном кафе и владеющий навыком создания рисунков на кофейной пенке. Оба героя имеют прозвище «Дворецкие». Они путешествуют во времени с целью противостоять своему противнику.

Персонажи участвуют в сражениях с элементами сверхъестественного. Параллельно с этим они сталкиваются с различными ситуациями в рамках повседневной школьной жизни. Сочетание временных перемещений и учебных будней формирует основную линию повествования. Детали противостояния с врагом и происхождение способностей героев раскрываются по мере развития сюжета.