Карточные бои Авангарда: Неоновый Мессия

События фильма разворачиваются после завершения сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона». Карточная игра «Авангард» стала привычной частью жизни персонажей, включая Айти Сэндо и Тосики Кая. Рутинный порядок нарушает Такуто Тацунаги, который объявляет турнир по приглашениям. Он собирает сильнейших игроков со всего мира, в том числе Айти и Тосики. Такуто организует соревнование с целью предотвратить разрушение мира. Главным призом турнира объявлена карта «Гармоничного Мессии».

Одновременно в разных регионах начинают исчезать воины, владеющие картами «Авангарда». За этими исчезновениями стоит Кодзи Ибуки. Участникам турнира предстоит выяснить его мотивы и противостоять угрозе. Айти и Тосики должны не только добиться победы в соревновании, но и остановить Кодзи, чтобы спасти мир от разрушения.