Грисайя: Призрачный курок

События разворачиваются спустя несколько лет после истории "The Fruit of Grisaia". Бывшая "Академия Михама", ранее служившая убежищем для девушек, преобразована в учебное заведение организации SORD (Special Organization for Research & Development). Это учреждение занимается подготовкой кадров для национальной обороны. В академии обучаются несколько специалисток: Рена и Маки владеют огнестрельным оружием, Тоука и Гуми — снайперы, Крис отвечает за взрывчатку и обработку данных, а Мурасаки выступает в роли ниндзя для разведывательных операций.

Девушки выполняют задания, которые считаются слишком сложными для полиции или Сил самообороны Японии. Они неоднократно сталкиваются с опасными миссиями, требующими применения оружия и специальных навыков. Сюжет сосредоточен на их работе, связанной с риском, боевыми действиями и использованием взрывчатых веществ.