Манускрипт ниндзя: Новая глава

События разворачиваются через четырнадцать лет после победы над бессмертным воином Гэммой Химуро и разрушения планов Генерала Тьмы. Главный герой, Дзюбэй Кибагами, продолжает путешествовать по Японии, работая наёмником. Во время странствий он встречает Сигурэ — жрицу местного храма, которая никогда не покидала пределов своей деревни. Группа демонов уничтожает деревню, убивая всех жителей. После этого Дзюбэй становится их главной целью из-за Драконьего Жемчуга — загадочного камня неизвестного происхождения.

Сигурэ вместе с монахом Дакуаном и молодым вором по имени Цубутэ отправляется в деревню Ягю. Два демонских клана одновременно охотятся за Сигурэ. Дакуану требуется вновь нанять Дзюбэя для защиты Жрицы Света. Основная интрига строится вокруг причин интереса демонов к Сигурэ и Драконьему Жемчугу, а также способности персонажей противостоять преследователям.