Макросс Зеро

События разворачиваются в мире, где после падения инопланетного космического корабля на Землю начинается война за объединение человечества. Главный герой Син Кудо служит пилотом в недавно сформированном отряде «Череп», оснащенном новейшими истребителями VF-0. Во время одного из боевых вылетов его самолет терпит крушение на тропическом острове, местное население которого сохраняет традиционный уклад жизни в гармонии с природой.

После крушения Син Кудо оказывается в центре конфликта между жителями острова и воюющими сторонами. На острове разворачиваются ключевые события, которые могут повлиять на исход всей войны. Взаимодействие пилота с местными жителями и противостояние с противниками определяют дальнейшее развитие сюжета и судьбу глобального конфликта.