Детектив Конан: Джолли Роджер в глубине лазури

События фильма разворачиваются на острове Коми в Тихом океане. На этом острове существует местная легенда о "Подводном дворце" - древних руинах, расположенных на морском дне. Согласно преданию, там спрятаны сокровища двух женщин-пиратов, Энн Бонни и Мэри Рид, которые действительно жили около 300 лет назад.

Когоро Мори, Конан, Ран и "Команда юных детективов" прибывают на остров Коми для отдыха. Во время пребывания они встречают группу охотников за сокровищами. Конан и его друзья оказываются вовлечены в серию преступлений, связанных с поисками спрятанных сокровищ и подводного дворца. Им предстоит разобраться в происходящих событиях и выяснить, что скрывают древние руины.