Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды

Главный герой Тэцуро Хосино участвует в войне против Механизированной империи на Земле. Люди терпят поражение в этом конфликте. В критический момент на планету прибывает космический поезд Галактический экспресс 999. Тэцуро получает сообщение от девушки по имени Мэйтел с просьбой вернуться на этот поезд. Герой с трудом пробивается через зону боевых действий к станции и успевает сесть на состав.

Поезд отправляется в путешествие, которое становится для Тэцуро новым этапом его приключений. Сюжет строится вокруг перемещений главного героя на Галактическом экспрессе 999. Конкретные цели и конечный пункт назначения этого путешествия остаются неясными. Развитие событий связано с раскрытием тайн, которые герою предстоит узнать в пути.