Индекс волшебства III

События разворачиваются в Академии-сити после вторжения. Политическая напряжённость между научными и магическими фракциями возрастает. Академия-сити планирует объявить войну Римско-католической церкви, что может привести к глобальному конфликту. Главный герой Тома Камидзё оказывается в центре этих событий и пытается защитить своих друзей и союзников.

Третий сезон является заключительной частью оригинальной серии. Тома Камидзё, Акселератор и Сиагэ Хамадзура следуют своим отдельным путями. Их истории развиваются параллельно и ведут к финальному акту оригинальной серии легких новелл.