Аркадия моей юности: Бесконечный путь SSX

События разворачиваются после поражения в войне против империи Иллюмидус, которая порабощает и уничтожает обитаемые планеты. Земля полностью перешла под контроль инопланетных захватчиков. Капитан Харлок и его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с планеты. Империя Иллюмидус продолжает преследование, объявив в розыск Харлока (кодовый номер S-00999), Тотиро (S-00998) и Эмеральду (X-00001).

Главные герои вынуждены сражаться не только против сил Иллюмидуса, но и против множества людей, стремящихся получить вознаграждение за их поимку. Несмотря на то что они остаются единственными защитниками Земли, их положение осложняется предательством и охотой со стороны бывших союзников. Дальнейший путь персонажей связан с необходимостью выживания и продолжения сопротивления в условиях тотальной враждебности.