Сюжет разворачивается в будущем, где человечество сосуществует с роботами. Главный герой — андроид Атом, созданный доктором Тэнмой в память о погибшем сыне. Атом обладает сверхчеловеческой силой, способностью летать и другими встроенными возможностями. Он сталкивается с предвзятым отношением со стороны людей, которые не принимают его как личность. Атом пытается найти своё место в обществе, одновременно помогая людям и другим роботам в решении их проблем. В процессе своих приключений Атом