Сюжет начинается после того, как Такато получает дигимона по имени Гилмон. Мальчик отправляется на отдых в Окинаву и берет с собой цифрового друга. Там они знакомятся с другим укротителем — Минами. Пока герои находятся на пляже, в Японии популярный компьютерный питомец превращается в вирус, который заражает множество компьютеров. Такато пытается выяснить причину внезапного заражения. В процессе расследования он сталкивается с враждебным отношением других дигимонов к Гилмону. Герою предстоит

Пятеро детей становятся жертвами нападения врагов и оказываются на древнем острове в Цифровом мире. Этот остров населён двумя типами дигимонов — звериным и человеческим. Между этими группами происходит конфликт, аналогичный войне за права, которая охватила и другие части Цифрового мира. Дети замечают, что один дигимон звериного типа и один дигимон человеческого типа установили дружеские отношения, несмотря на общую вражду. Это наблюдение побуждает детей принять решение прекратить междоусобицу

Такуя получает на свой телефон загадочное сообщение. Прочитав его, он отправляется на станцию, указанную в тексте. Прибыв на место, Такуя обнаруживает пространство, заполненное детьми и поездами. Он садится в один из поездов вместе с четырьмя другими людьми. Поезд отправляется в Цифровой мир. Задача группы — спасти этот мир. Для этого им необходимо найти духов, которые позволяют превращаться в легендарных дигимонов. Враги знают о прибытии группы. Главный антагонист — Керубимон — готов