Действие происходит спустя несколько столетий после XX века. Применение ядерного и биологического оружия привело к разрушению экосистемы. Большая часть поверхности Земли загрязнена и приходит в упадок. Большинство видов растений и животных вымерло. Мир приближается к шестому массовому вымиранию. Человечество построило города в небе, куда переселило исчезающие виды растений и животных. В изолированных условиях на протяжении многих поколений животные эволюционировали. В результате искусственного

Девочка по имени Такада переезжает из города в деревню из-за работы отца. Она переводится в местную школу, где новые одноклассники относятся к ней настороженно. Причина в том, что её принимают за бога-ребёнка Матасабуро, который, согласно местным поверьям, появляется в начале сезона тайфунов. Такада является девочкой, что создаёт дополнительное недопонимание. Жизнь в деревне ей не нравится, и она хочет вернуться обратно в город. Ситуация меняется после случайной встречи Такады с богом ветра,

Третьеклассница Химэно переезжает в большой особняк в провинции. Вскоре она выясняет, что этот дом принадлежит ниндзя. Персонажи по имени Акамаки (красный), Аомаки (синий) и Кииромаки (жёлтый) ошибочно принимают Химэно за принцессу. Они помогают ей решать повседневные проблемы, используя свои особые навыки. Помимо индивидуальных способностей, ниндзя могут объединяться. При слиянии Аомаки и Кииромаки образуется Мидоримаки (зелёный). Объединение Акамаки и Аомаки даёт Мурасакимаки (фиолетовый).

Айко живет в синтоистском храме вместе с дедушкой, который является главным священником. В храме есть раздвижная дверь, окрашенная только наполовину. В детстве Айко хотела закончить ее покраску, но к 17 годам у нее не осталось целей или планов на будущее. В храме появляется незнакомый мужчина, и дедушка предлагает ему остановиться у них. Айко выступает против этого решения. Несмотря на первоначальное неприятие, девушка постепенно замечает, что грубоватый молодой человек проявляет доброту и