Действие происходит в средневековой Японии, в горной деревне народа эмиси. На деревню нападает гигантский вепрь Наго, одержимый ненавистью и превратившийся в демона. Сын вождя Аситака убивает животное, чтобы спасти поселение, но получает ранение в руку. Вместе с раной ему передаётся проклятие. Согласно обычаям племени, Аситаку изгоняют, и он отправляется в путь, чтобы найти исцеление или погибнуть. Во время странствий Аситака оказывается вовлечён в конфликт между людьми Железного Города под

Сатоши и его друзья прибывают в город Ларусс. Там они встречают мальчика по имени Тоои Рондо, который четыре года назад пережил психологическую травму, связанную с покемонами. Из-за этого он испытывает страх перед ними и старается избегать контакта. Город Ларусс представляет собой технологически развитое место, где люди и покемоны сосуществуют в повседневной жизни. В это время Деоксис, полностью восстановившийся после предыдущей битвы, начинает атаку на регион Хоэнн. Он устанавливает вокруг