Z/X: Код воссоединения

После продолжительного военного конфликта между людьми и зексами — существами из пяти параллельных миров — было заключено временное перемирие. Судьба миров теперь зависит от Адзуми Кагамихары, болезненной девочки, и её партнёра Ригеля, хладнокровного зекса из Голубого Мира. Адзуми поступает в Академию Фудзимисаки, специальное учебное заведение, созданное для подготовки пар, состоящих из человека и зекса.

После зачисления Адзуми знакомится с другими ученицами, которые также образуют пары с зексами. Вместе они начинают проходить интенсивные тренировки в академии. Успех их обучения и способность эффективно взаимодействовать в парах определят, смогут ли они поддерживать хрупкое перемирие между мирами.