Рождение Китаро: Тайна Щелкунчика

Такато встречает дигимона по имени Гилмон, после чего между ними устанавливается партнёрство. Вместе они отправляются на курорт в Окинаве. Это место отличается природными ландшафтами и спокойной обстановкой. Однако по прибытии Такато и Гилмон обнаруживают, что в Японии началось распространение компьютерного вируса. Возникает вопрос о возможной связи этого явления с дигимонами. Ситуация усложняется появлением Минами — ещё одного укротителя дигимонов, что добавляет неопределённости в происходящее.

На фоне отдыха на пляже происходят необычные события. Другие дигимоны проявляют враждебность к Гилмону, что побуждает Такато искать причины такого поведения. Он пытается выяснить природу вируса и его отношение к миру дигимонов, сталкиваясь с рядом препятствий и угроз. Постепенно раскрывается цепь событий, связывающая Такато, Гилмона и других дигимонов. Поездка перерастает в задачу, в ходе которой Такато узнаёт больше о своих способностях и устройстве мира дигимонов. В процессе появляются новые знакомые, противники и вопросы, а изучение прошлого и настоящего помогает ему определить своё место в этой среде.