Индекс волшебства II

В Академия-Сити продолжаются преследования Индекс, в памяти которой хранятся 103 тысячи запрещённых церковью гримуаров. Различные магические организации стремятся получить доступ к этим знаниям и используют девушку для достижения собственных целей. Индекс оказывается в центре конфликта между влиятельными волшебными обществами, которые намерены применить её способности в своих интересах.

В сложившейся ситуации Индекс полагается на поддержку своего друга Томы Камидзё. К нему присоединяется Микото Мисака, обладающая электрическими способностями. Вместе с другими товарищами они пытаются защитить Индекс от посягательств магических организаций. Успех их миссии зависит от способности противостоять влиятельным противникам и сохранить контроль над запрещёнными гримуарами.