Индекс волшебства

События сериала разворачиваются в Академия-Сити — технологически развитом городе к западу от Токио, где изучают людей с улучшенными научными способностями, называемых эсперами. В этом мире также существует магия. Главный герой, Тома Камидзё, является учеником Академия-Сити. Его правая рука обладает способностью, известной как «Разрушитель воображения». При контакте с этой рукой рассеиваются любые магические эффекты или способности эсперов, включая собственную удачу Томы.

Однажды Тома находит на перилах своего балкона девушку в монашеской одежде. Она оказывается монахиней из Несессариуса — секретного магического отделения Церкви Англии. Её имя — Индекс. В её разум были помещены 103 тысячи книг, запрещённых церковью. Эта встреча, а также необычная сила правой руки Томы, вовлекают его в конфликт, связанный с магами и эсперами.